院史沿革

早期台灣的醫療制度醫、藥未分業，藥學教育由於客觀環境的限制大都隸屬於醫學院中。本效創立宗旨以發揚中醫藥為目標，中醫是醫、藥分業的體系，因此創校之初以醫學系及藥學系為兩大主軸，校名使用「醫藥」學院，強調醫學與藥學教育並重，此名稱沿用至今。

中國醫藥學院於民國47年創校，民國92年改制成中國醫藥大學始成立藥學院，藥學院成立之初包含了藥學系、中國藥學研究所、藥物化學研究所、中藥資源學系及藥用化妝品學系。藥學系於民國47年成立，其培育目標是融貫中西醫藥兩大系統；中西醫藥兼學為設立宗旨，除現代藥學課程外兼加一年的中藥課程為五年制。民國54年成立夜間部藥學系。多年來為國內藥學教育以中西合流較明顯的學系。民國63年為建立中藥研究體系成立中國藥學研究所碩士班帶動了中藥的研究群。民國72年為培育國內藥學製藥人才，成立藥物化學研究所碩士班，二所分別於76年及78年成立博士班。民國86年應教育部政策，將夜間部改為第二部藥學系。民國90年為讓藥學資源與應用充分發揮，同時設立中藥資源學系與藥用化妝品學系。民國93年藥學系成立碩士班，民國95年藥學系成立博士班。民國97年成立藥物安全研究所碩士班。民國98年與中央研究院共設癌症生物與藥物研發博士學位學程。民國98年藥用化妝品學系成立碩士班。民國98年中藥資源學系及中國藥學研究所整合為中國藥學暨中藥資源學系，及同年藥物安全研究所整合至藥學系更名為藥學系藥物安全碩士班。民國103年藥物化學研究所併入藥學系，及同年成立製藥碩士學位學程。民國104年中國醫藥大學進行組織再造，中國藥學暨中藥資源學系，藥用化妝品學系與製藥碩士學位學程整併入新成立的生技製藥暨食品科學院，都築傳統藥物研究中心納入藥學院。民國105年生技製藥產業博士學位學程成立。民國109年藥用化妝品學系與製藥碩士學位學程併入藥學院。