院徽與院旗

院徽

設計理念：
以具象圖形及圖像畫文字進行設計構思，主要構成是代表藥學的許奎厄亞之碗，並將纏繞於藥碗上的蛇與Rx字樣組融合。暗藏在蛇吐信中的火焰，象徵中國醫藥大學培育藥學專業人才的堅持信念。周圍環繞象徵智能與醫療的月桂葉，以及鑲嵌在其中的：藥學院創立的西元年2003與中國醫藥大學英文縮寫CMU，為院徽更增添一份專屬於中國醫藥大學的特色。

設計說明：

• 象徵藥學的許奎厄亞之碗 (Bowl of Hygieia)
  許奎厄亞是希臘神話中的健康女神，也是醫神阿斯克勒庇俄斯之女。而許奎厄亞之碗是女神手中的道具，碗上如同其父親的蛇杖一樣，有一條蛇盤旋而上，具備醫學及治療的象徵意義。若將兩者細分，「阿斯克勒庇俄斯的蛇杖」代表「醫學」，而「許奎厄亞之碗」代表「藥學」。因此，將其作為整個院徽設計主軸。


• 融合Rx曲線的蛇
  為了增加院徽整體的識別性，將代表藥學的Rx元素與蛇灣曲的取線香結合，近看可看作「Rx」，遠看可看作「Pharmacy」的「P」。而蛇的吐信則幻化成火焰，願孕育此地藥學莘莘學子的寶貴知識如同聖火般綿綿不息的傳承下去。

院旗

設計理念：
設計風格上採用讓人覺得清新活力的色系，結合健康、藥事照護、醫學三個主題構成院旗，並且以中國醫藥大學的校徽主體作為整個底圖，代表中國醫藥大學以培育專業的藥學相關人材為己任。

設計說明：
以能容易讓人聯想到藥學的研缽、研杵作為設計的主軸，並在上面加上藥學的代表字RX字樣。
周圍加上一些膠囊、錠劑，另外畫出一個代表醫療的十字符號。而在上方有兩個健康的人，象徵在專業的醫療與藥事照護之下，人人都可以享有健康的權利。

底圖：結合藍、紫、白三色，做出晴天白雲的感覺，結合中國醫藥大學的校徽主體。